Index

_

__init__() (qsirecon.utils.brainsuite_shore.BrainSuiteShoreFit method) (qsirecon.utils.brainsuite_shore.BrainSuiteShoreModel method)

A

aggregate_reports() (in module qsirecon.cli.group_report) alpha (qsirecon.utils.brainsuite_shore.BrainSuiteShoreFit property) assert_circular() (qsirecon.utils.testing.TestWorkflow method)

assert_inputs_set() (qsirecon.utils.testing.TestWorkflow method) assertIsAlmostExpectedWorkflow() (qsirecon.utils.testing.TestWorkflow method) assertIsSubsetOfList() (qsirecon.utils.testing.TestWorkflow method)

B

bids_response_function_to_mrtrix() (in module qsirecon.utils.misc) brainsuite_shore_basis() (in module qsirecon.utils.brainsuite_shore) brainsuite_shore_matrix_pdf() (in module qsirecon.utils.brainsuite_shore)

BrainSuiteShoreFit (class in qsirecon.utils.brainsuite_shore) BrainSuiteShoreModel (class in qsirecon.utils.brainsuite_shore) build_documentation() (in module qsirecon.utils.boilerplate)

C

check_deps() (in module qsirecon.utils.misc) check_latest() (in module qsirecon.cli.version) cnr (qsirecon.utils.brainsuite_shore.BrainSuiteShoreFit property)

collect_atlases() (in module qsirecon.utils.atlases) ConditionalDoc (class in qsirecon.utils.boilerplate) create_rspace() (in module qsirecon.utils.brainsuite_shore)

D

deep_update_dict() (in module qsirecon.utils.misc)

describe_atlases() (in module qsirecon.utils.boilerplate)

F

fit() (qsirecon.utils.brainsuite_shore.BrainSuiteShoreModel method)

fitted_signal() (qsirecon.utils.brainsuite_shore.BrainSuiteShoreFit method)

G

get_doc() (qsirecon.utils.boilerplate.ConditionalDoc method)

get_inputs_outputs() (qsirecon.utils.testing.TestWorkflow method)

I

is_flagged() (in module qsirecon.cli.version)

is_interactive() (in module qsirecon.utils.debug)

L

list_to_str() (in module qsirecon.utils.boilerplate)

listify() (in module qsirecon.utils.misc) load_yaml() (in module qsirecon.utils.misc)

M

make_sloppy() (in module qsirecon.utils.sloppy_recon) module qsirecon qsirecon.cli qsirecon.cli.group_report qsirecon.cli.version qsirecon.utils qsirecon.utils.atlases qsirecon.utils.boilerplate qsirecon.utils.brainsuite_shore qsirecon.utils.debug qsirecon.utils.maths qsirecon.utils.misc qsirecon.utils.sloppy_recon qsirecon.utils.testing

mrtrix_response_function_to_bids() (in module qsirecon.utils.misc) msd() (qsirecon.utils.brainsuite_shore.BrainSuiteShoreFit method)

O

odf() (qsirecon.utils.brainsuite_shore.BrainSuiteShoreFit method)

odf_sh() (qsirecon.utils.brainsuite_shore.BrainSuiteShoreFit method)

P

pdf() (qsirecon.utils.brainsuite_shore.BrainSuiteShoreFit method)

pdf_grid() (qsirecon.utils.brainsuite_shore.BrainSuiteShoreFit method) predict() (qsirecon.utils.brainsuite_shore.BrainSuiteShoreFit method)

Q

qsirecon module qsirecon.cli module qsirecon.cli.group_report module qsirecon.cli.version module qsirecon.utils module qsirecon.utils.atlases module qsirecon.utils.boilerplate module

qsirecon.utils.brainsuite_shore module qsirecon.utils.debug module qsirecon.utils.maths module qsirecon.utils.misc module qsirecon.utils.sloppy_recon module qsirecon.utils.testing module

R

r2 (qsirecon.utils.brainsuite_shore.BrainSuiteShoreFit property) regularization (qsirecon.utils.brainsuite_shore.BrainSuiteShoreFit property)

remove_non_alphanumeric() (in module qsirecon.utils.misc) rtop_pdf() (qsirecon.utils.brainsuite_shore.BrainSuiteShoreFit method) rtop_signal() (qsirecon.utils.brainsuite_shore.BrainSuiteShoreFit method)

S

setup_exceptionhook() (in module qsirecon.utils.debug) shore_coeff (qsirecon.utils.brainsuite_shore.BrainSuiteShoreFit property)

shore_index_matrix() (in module qsirecon.utils.brainsuite_shore) shore_matrix_odf() (in module qsirecon.utils.brainsuite_shore) shore_matrix_pdf() (in module qsirecon.utils.brainsuite_shore)

T

TestWorkflow (class in qsirecon.utils.testing)

U

update_params() (in module qsirecon.utils.sloppy_recon)